Tačni uzroci keratokonusa su nepoznati. Postoje mnoge teorije zasnovane na istraživanju. Ispitivane su i povezanosti uočenih uzroka keratokonusa sa uzrocima drugih bolesti i sa različitim životnim uslovima. Međutim, nijedna od teorija ne objašnjava sve i uzrok može biti jedna nepravilnost ali i kombinacija više nepravilnosti.
Veruje se da genetika, okruženje, alergije, stres i endokrini sistem imaju ulogu u pojavi keratokonusa.
Genetika
Jedan naučni stav je da je razvojni keratokonus genetskog porekla. Ovaj stav je zasnovan na činjenici da se u nekim slučajevima keratokonus javlja kod više generacija iste familije. Danas je poznato da je učestalost pojavljivanja keratokonusa kod krvnog srodnika od keratokonus pacijenta manja od jedan u deset slučajeva. Većina keratokonus pacijenata nemaju druge članove porodice sa ovom bolešću. Tako da postoje jasni dokazi koji dovode u pitanje ovaj stav.
Okruženje
Nečistoće iz okruženja (prašina, dim i razne čestice u vazduhu) i traume mogu biti uzroci keratokonusa. Lakša oštećenja izazvana traumama dovode do pojave keratokonusa rožnjače. Primer za to je često trljanje očiju.
Alergije
Pojava keratokonusa često se vezuje za osobe koje imaju alergije. Iritacije i osećaj svraba navodi na energična i česta trljanja očiju. Atopijske bolesti se u većem procentu javljaju kod pacijenata obolelih od keratokonusa nego u opštoj populaciji. Pod atopijskim bolestima se smatraju poremećaji kao što su polenska groznica, ekcema, astme i alergija na hranu.
Oksidativni stres
Neke studije ukazuju na uključivanje oksidativnog stresa u patogenezi ovog oboljenja. Keratokonus rožnjače je oboljenje koje nema mogućnost samostalne rutinske popravke oštećenja. Kao i svako drugo tkivo u telu, rožnjača stvara štetne nusprodukte metabolizma koji se nazivaju slobodni radikali. Normalna rožnjača, kao i svako drugo telesno tkivo, ima sistem odbrane da neutrališe ove slobodne radikale, tako da ne oštećuje kolagen, strukturni deo rožnjače, štiti rožnjaču od istanjenja i ispupčenja. Rožnjača obolela od keratokonusa ne poseduju sposobnost da eliminiše slobodne radikale tako da oni ostaju u tkivu i mogu izazvati strukturalnu štetu.
Hormoni
Druga hipoteza je da endokrini sistem može biti uzrok za pojavu keratokonusa jer je keratokonus generalno prvi put otkriven u pubertetu i napreduje tokom trudnoće. Ova teorija je i dalje samo predpostavka i nije dokazana.